I lavori di costruzione della chiesa di S. Stefano iniziarono nel 1729 e proseguirono con lentezza e per tappe successive: nel 1766 si finì l'altar maggiore, nel 1769 l'altare di marmo scuro in cui furono trasportate le spoglie dei Santi Benigno e Caro, nel 1771 fu eretto l'altare dedicato alla Madonna. Gli altri altari sorsero in seguito. Nel 1913 la chiesa venne sobriamente decorata dai pittori Trentini e Castagna, nel 1942 fu costruito il pavimento. La chiesa è ad una sola navata larga m. 12,50 e lunga 20, escluso il presbiterio. E' un sobrio barocco dal soffitto a volta su cui nel sec. XVIII il pittore Perini affrescò un medaglione che illustra la gloria di S. Stefano e, sopra il presbiterio, il suo martirio. Il soffitto riporta inoltre gli stemmi di Malcesine, Venezia, degli Scaligeri e del Cardinale Bacilieri, opera del Trentini. Notevole è la pala del primo altare a destra "la deposizione di Cristo" di Girolamo dei Libri.